R ve BUGS

R dili istatistik hesaplamalari icin yaygin bir sekilde kullaniliyor. WinBUGS (ve genelde BUGS kutuphanesi) ise bir simulasyon teknigi olan Monte Carlo simulasyonlari icin kullanilmakta.R kurmak icin Ubuntu uzerindesudo apt-get install r-base r-base-devyeterli. BUGS biraz daha cetrefil. WinBUGS bir Windows programi. Once wine kurariz:sudo apt-get install wineSonra su sayfadan (cok dandik bir sayfa evet, bu gibi sebeplerden zaten bu ortamda gelecek gormuyoruz -asiri Windows baglantisi bir diger faktor-) WinBUGS exe dosyasi indirilir. Exe uzerinde sag click Windows kurulus secenegini gosterir. Bunlar olduktan sonra R komut satirina girin ve R ile Winbugs baglantisi kuracak install komutunu isletin:$ R> install.packages("R2WinBUGS")Bu kurulum, daha sinirli isler yapabilen egitim versiyonunu kurdu. Daha sofistike isler icin tam versiyona gecmek lazim; sorun degil, herkese acik bir anahtar kurunca o da oluyor.

Su adrese girin

http://www.mrc-bsu.cam.ac.uk/bugs/winbugs/WinBUGS14immortalitykey.txt

Bu dosyanin tamamini bir yere kaydedin. Sonra WINE ile Bugs'i baslatin. Open | File ile biraz once kaydettiginiz txt dosyasini yukleyin. Tools | Decode menusunu secin, sonra cikan dialog kutusunda "Decode All" dugmesine tiklayin. Kurulus tamam.Artik hem R hem BUGS isletmeye haziriz. Normal R programlari isletmek icin normal "R -f [dosya]" kullanilir. Eger script icinde plot, vs. komutlari varsa, bunun ciktilari Rplots.pdf adli bir dosyaya yaziliyor.BUGS isletmek icin ise su ornek kullanilabilir.

test-schools.Rlibrary(R2WinBUGS)model.file <- system.file(package="R2WinBUGS","model","schools.txt")data(schools)J <- nrow(schools)y <- schools$estimatesigma.y <- schools$sddata <- list ("J", "y", "sigma.y")inits <- function(){list(theta=rnorm(J, 0, 100), mu.theta=rnorm(1, 0, 100),sigma.theta=runif(1, 0, 100))}parameters <- c("theta", "mu.theta", "sigma.theta")schools.sim <- bugs(data, inits, parameters, model.file, n.chains=3, n.iter=5000)print(schools.sim)plot(schools.sim)

Ornegi isletmek icin "R -f test-schools.R". Arka planda WinBUGS'in baslatip kapatildigini goreceksiniz, R oraya bilgi gecip sonucu geri aldi, vs. WinBUGS bazen kapatilmayabiliyor, o durumda manuel olarak siz kapatin, farketmez.Kaynak